No início da Legislatura a Assembleia elege o seu Presidente, bem como os restantes membros da Mesa, e fixa o elenco das suas Comissões Especializadas permanentes.
Compete ao Presidente representar a Assembleia, presidir à Mesa, dirigir os trabalhos parlamentares, fixar a ordem do dia, depois de ouvir a Conferência dos Representantes dos Grupos Parlamentares, assinar os Decretos e outros documentos expedidos em nome da Assembleia da República e superintender na sua administração.
O Presidente da Assembleia da República é eleito por maioria absoluta dos Deputados em funções. Compete-lhe também substituir, interinamente, o Presidente da República.
A Mesa é o orgão composto pelo Presidente, por quatro Vice-Presidentes, quatro Secretários e quatro Vice-Secretários. É eleita pelo período da Legislatura. Compete à Mesa coadjuvar o Presidente no exercício das suas funções, declarar a perda de mandato em que incorra qualquer Deputado, dirigir as reuniões plenárias.
Os Deputados eleitos por cada partido, ou coligação, podem constituir-se em Grupo Parlamentar.
Habitualmente existem tantos grupos parlamentares quantos os partidos representados na Assembleia.
Os Grupos Parlamentares têm determinados direitos, nomeadamente, indicar os seus representantes nas Comissões, apresentar projectos de lei, ser ouvidos sobre a fixação da ordem do dia, através dos seus Presidentes, apresentar moções censura ao Governo ou de rejeição do seu programa, suscitar dois debates, em cada sessão legislativa, para interpelação ao Governo.
A Assembleia constitui Comissões especializadas permanentes cuja composição corresponde à representatividade dos partidos com assento na Assembleia.
O estudo e debate das iniciativas legislativas apresentadas à Assembleia é feito em Comissão antes da sua apreciação ou votação em reunião plenária.
Cada Comissão pode constituir as Subcomissões necessárias, com autorização prévia do Presidente da Assembleia.
A Assembleia pode constituir também Comissões eventuais para fins determinados.
Na VII Legislatura foram constituídas 12 Comissões Especializadas Permanentes.
Fora do período normal de funcionamento da Assembleia, ou durante o período em que se encontre dissolvida, funciona a Comissão Permanente que é composta pelo Presidente da Assembleia, Vice-Presidentes e Deputados indicados por todos os partidos. Compete-lhe, nomeadamente, acompanhar a actividade do Governo, dar assentimento à ausência do Presidente da República do território nacional, autorizar o funcionamento de comissões, se tal fôr necessário, preparar a abertura da sessão legislativa.
Os debates políticos e legislativos têm lugar quer nas Reuniões Plenárias, quer nas reuniões das Comissões.
Habitualmente, em cada reunião plenária há um período designado por "antes da ordem do dia" e outro designado por "ordem do dia".
No período de antes da ordem do dia (PAOD) os Deputados podem fazer declarações políticas, tratar de questões de interesse relevante, realizar debates de urgência. Este período tem a duração normal de uma hora.
No período da ordem do dia (POD) realizam-se os debates e as votações sobre as iniciativas legislativas e outras matérias de competência específica da Assembleia.
A agenda da reunião plenária - designada por ordem do dia - é fixada 15 dias antes pelo Presidente, depois de ouvir a Conferência dos Representantes dos Grupos Parlamentares, onde o Governo também pode fazer-se representar.
Os membros do Governo podem intervir nos debates.
As reuniões plenárias são públicas. Realizam-se, habitualmente, 3 reuniões plenárias por semana.
As reuniões das Comissões são marcadas pela própria Comissão ou pelo seu Presidente e a respectiva ordem do dia é fixada previamente.
Os membros do Governo podem participar nas reuniões das Comissões. Em regra, as reuniões das Comissões não são públicas mas os órgãos de comunicação social podem assistir aos debates da legislação na especialidade e dos respectivos relatórios, salvo deliberação em contrário da Comissão.